Mediante convocatoria abierta en medios digitales (la propia web www.balpamplona.org y otras web de difusión específica como la de www.plataformaarquitectura.cl, el sitio web de arquitectura más leído en español) se realiza un proceso de selección de candidatos a mostrar su obra en la BAL. Las bases de la convocatoria figuran en la propia web y, en resumen, se trata de tener una oficina abierta, menos de 40 años y contar ya con obra construida. El proceso de selección cuenta con dos fases, una primera más local y la segunda y definitiva ante un jurado en Pamplona que valora los trabajos. Para la primera fase se cuenta con la inestimable ayuda de los comisarios o delegados de la BAL en cada país o zona geográfica de América Latina. La función de estos delegados es por un lado la de garantizar una adecuada difusión de la convocatoria en el entorno profesional y académico de su ámbito geográfico y por otro la de realizar un primer filtro en la selección de candidatos que se envía a Pamplona.
El proceso culmina con la selección de 14 equipos a los que la BAL invita a acudir a Pamplona a presentar su obra. Allí coincidirán con otros arquitectos senior, especialistas en sus distintos ámbitos, que completan el panel de conferenciantes. La condición y la ambición de la Bienal de Arquitectura Latinoamericana (BAL) de convertirse en la bienal joven supone, en muchos casos, la primera oportunidad para los participantes seleccionados de exponer su obra fuera de sus países.
Cada edición cuenta con un país invitado, al que se le dedica su correspondiente exposición específica acompañada de una publicación. El país invitado centra también de alguna manera las conferencias magistrales de cada edición y sirve para presentar un marco histórico crítico que ayuda a entender la evolución arquitectónica en cada país.
La BAL 2017, aportó una novedad por cuanto se refiere a los contenidos de arquitectura, y fue la de la Muestra de Fotografía de Arquitectura de Latinoamérica, que se celebró por primera vez, y que ha generado una nueva publicación, de similar diseño que las anteriores; y que se debe entender como un paso más para la difusión y conocimiento de la realidad arquitectónica del continente americano y para el establecimiento de nuevos lazos entre los agentes de la arquitectura de ambos lados del Atlántico.
La BAL cuenta con su comité de organización propio bajo la dirección de AREA (Asociación para la Reflexión Estratégica de la Arquitectura), como responsable de la Bienal en su conjunto y garante de su realización.